米国ではゲノムプロジェクトで得られる成果を、がん臨床における診断や治療に応用するために、1996年よりNCIを拠点にCGAP (Cancer Genome Anatomy Project)としてCancer Genomicsを集学的に展開するプロジェクトが始動している(http://cgap.nci.nih.gov/）。このCGAPは大きく５つの部門で支えられており、その一つのCCAP（Cancer Chromosome Aberration Project）は癌のゲノム異常をより効果的に解析するためのツールと情報を提供するプロジェクトである。ホームページ上ではCCAPを推進するための「sate-of-the-art」としてFISH法に加えて、spectral karyotyping (SKY)法や comparative genomic hybridization（CGH）法を紹介している (http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/CCAP/)。　現在までに白血病において病型特異的な染色体転座が次々と明らかにされ、その切断点をランドマークに数々の癌関連遺伝子が単離されてきた。最早、ある程度の頻度をもつ染色体転座の全てにおいて切断点クローニングは終了したといっても過言ではない状況である⁵⁾。一方、ヒトゲノムの全シーケンスや発現配列タグ(expressed sequence tag: EST)とその染色体の位置情報、さらにSAGE（serial analysis of gene expression ）などによる臓器別の遺伝子発現プロフィールなどの情報が飽和しつつある状況においては、癌の発生や進展に関与する遺伝子を効率よく同定するために標的とすべき腫瘍特異的ゲノム異常を見つけだすことは非常に重要な作業であると言える。このことからも、従来の染色体分染法では見逃されていたり、由来不明とされてきたマーカー染色体の起源をM-FISHやSKY法で明らかにして新たに特異的異常を見つけだしたり、あるいはCGH法を用いて新規の遺伝子増幅領域を検出することに大きな期待がかかる。