Comparative Genomic Hybridization (CGH)法は、全染色体を対象にしてゲノムDNAの過剰、欠失、増幅などのコピー数異常を短時間で検出する方法である。Joe Gray, Dan Pinkel, O-P Kallioniemiらによって開発された技術であり、その成果は1992年Science誌に最初に報告された。被検試料の高分子DNAを利用して、染色体コピー数変化の検出が可能であるため、従来の染色体分析法では詳細な解析が困難であった固形腫瘍のゲノム異常解析法として、現在、広く利用されている。染色体レベルの物理サイズで起きたコピー数の減少(loss)、過剰(gain)、増幅(amplification)を決定することができるが、本技術によりコピー数の変化を伴わない均衡型染色体転座を検出することは不可能である。また、標準法では、1コピーの減少を検出するには、変化の起きた領域が少なくとも10Mb程度の大きさでなければ検出は不能とされている。一方、遺伝子増幅領域は1Mb未満のものでも、これを検出できる。したがって、 CGH解析によって見出された欠失領域から、癌抑制遺伝子を単離するというアプローチは現実的ではない。一方、新しい増幅領域の探索には非常に優れた方法であり、増幅の標的となる癌関連遺伝子の同定は積極的に取り組まれている。