DNAマイクロアレイによるhigh through-putな染色体コピー数の解析技術が実用されるようになってきた。クローン化されたDNAを基板となる個体（通常はスライドガラス）に均等間隔にスポットしたものをDNAマイクロアレイ（microarray）という（図1）。この方法では、一度に数百〜数万種類の遺伝子の発現動態を検出するツールとして実用化され、さらにDNAマイクロアレイにCGH法と同様の操作を行って増幅や欠失などのゲノム異常を検出する方法が開発されてきている¹¹⁾。

このDNAマイクロアレイでは増幅を起こしやすい癌遺伝子などのゲノムDNAをクローン化したBACやPACをスポットしたスライドガラスにCGHを行い、各スポットの蛍光輝度を測定して染色体コピー数を検出する^{6, 7)}。さらに最近、cDNAを張り付けたDNAマイクロアレイでのCGH法が検討され、このシステムでは85%と高感度に欠失や過剰といった１コピーのゲノム変化をも検出できることが確認されている⁸⁾。

ゲノムマイクロアレイを用いたCGH法は、一度に多項目の遺伝子のコピー数異常を判定することが可能である（図2）。したがって数百、数千種類といったオーダーで遺伝子を張り付けたパネルを用いて異常を検出し、特定のゲノムコピー数異常と病態との関係を詳細に検討し分類することで、個々の症例において癌の個性を明らかにすることができ、患者さん一人一人で異なっている癌の悪性度診断も可能になるであろう。ただし、欠失や増幅といったゲノムの一次構造の異常だけではなく、発現プロフィールと対応付けた相関解析も重要であることは言うまでもない。