本データベースの構築
本データベースを構築するために、日系ブラジル人100家族における父・母・子どもの延べ300名の健常者を対象とした解析を行いました。
これら300名の被験者と、対照としての日本人男性1名の末梢血から標準的な手法でゲノムDNAを抽出し、アレイ解析を施行しました8)。
WGA-4500, 15000を用いた解析では、コピー数に増減があったと判断する閾値を
それぞれ1.25と0.75とし、得られたCNVとその位置、両親からの由来などの情報を格納したデータベースです。
HumanOmniExpressを用いた解析では、
Karyostudio software
を用いてCNVとLOHの抽出を行いました。それぞれは、10個以上のマーカーが連続して変化している10kb以上のサイズの領域をCNV、
コピー数に変化がなくSNPのヘテロ接合性が失われている3Mb以上のサイズの領域をLOHとする閾値を設定して抽出されたものです。
さらに、SNPから父親・母親のどちらのアリルに生じたか判別できるde novo CNVは、その情報を併記しました。
なお、すべてのサンプルは、対象となった両親と子どもから書面によるインフォームドコンセントを得ております。
Reference